En este eje temático englobamos todos aquellos procesos de organización de pueblos indígenas que hagan referencia a los vínculos de los pueblos indígenas con espacios y bienes naturales sobre los cuales se ejerce el derecho a la libre determinación. Hacemos especial énfasis en identificar aquellos elementos naturales que son fundamentales dentro de estos procesos de lucha, aspectos que ayudará a enriquecer las formas de ver el mundo de los pueblos indígenas. Estos elementos naturales tienen una larga tradición de defensa, como lo son el agua (por ejemplo ríos, cenotes, manantiales), los bosques (tropicales o templados) y la tierra (superficie para uso agrícola). El énfasis en el concepto territorio permite captar y sistematizar reivindicaciones que no tienen que ver únicamente con la propiedad de la tierra sino más bien con la jurisdicción de los pueblos indígenas en espacios determinados.

En este eje temático el Observatorio se centra en cuestiones de pluralismo jurídico y acceso a la justicia por parte de los pueblos originarios. El pluralismo jurídico ha sido fundamental para el ejercicio de la libre determinación de los pueblos ya que cuestiona y confronta diferentes jurisdicciones del Estado mexicano. En este eje temático también se encuadra el seguimiento que se da a las sentencias dadas por diferentes tribunales y a su ejecución con respecto a los recursos interpuestos por organizaciones indígenas y que les resultan favorables. Actualmente, y obedeciendo a una coyuntura específica, el observatorio da seguimiento a aquellos eventos que tienen que ver con los planes de justicia impulsados por el gobierno actual.

En este eje damos seguimiento a aquellos procesos organizativos de autogobierno y surgimiento de colectividades que, con legitimidad política reconocida por el Estado o no, permitan ver la manera en la que instancias de gobierno indígena ejercen su jurisdicción política. En muchas regiones en donde el autogobierno indígena ha sido eliminado, se encuentra diluído por la presencia de población no indígena o bien se encuentra “corrompido” o “cooptado” el ejercicio de la autonomía depende también de imaginar nuevas formas de organización política y colectiva. La labor del Observatorio enfatiza los procesos que tienen menos difusión mediática esto con el objetivo de abarcar las diferentes modalidades que el ejercicio de la autonomía puede llevar consigo.

Este eje temático permite acercarse a aquellos procesos de defensa colectiva de la propiedad intelectual de los pueblos indígenas, sobre todo en materia de textiles y semillas nativas. También permite observar las condiciones del trabajo asalariado agrícola. La privatización de la propiedad intelectual comunal sin duda afecta de formas diversas a la autonomía de las y los trabajadores indígenas, sea como artesanas del ramo textil o campesinos que trabajan con semillas nativas. Así mismo diferentes estudios han señalado la forma en la que los integrantes de los pueblos indígenas son sometidos a condiciones inhumanas de trabajo en plantaciones de todo tipo en la República Mexicana, de allá la importancia de este eje temático.